Dalam kegiatan peningkatan kesehatan masyarakat, pendekatan YKB bersifat programatik (bukan project-oriented) yang berwawasan pemberdayaan masyarakat. Melalui konsep ini YKB telah berhasil memberdayakan sejumlah kelompok dampingan menjadi organisasi formal dan berbadan hukum (terdaftar di Notaris).

Dari kegiatan pendampingan untuk WPS di lokalisasi Kramat Tunggak telah dilahirkan Yayasan Bandungwangi pada tahun 1999 dan masih tetap berkiprah selama 24 tahun hingga saat ini (tahun 2023). Dari kegiatan pendampingan pada mantan WPS yang berpraktik illegal di Rawa Malang, Jakarta Utara pasca penutupan lokalisasi Kramat Tunggak telah dilahirkan Yayasan Anak dan Perempuan pada tahun 2005 dan masih tetap berkiprah selama 18 tahun hingga saat ini (tahun 2023). Yayasan Bandungwangi adalah organisasi pertama di Indonesia yang didirikan dari, untuk dan oleh WPS dan mantan WPS. Dari kegiatan pencegahan trafficking dan penanggulangan HIV/AIDS di Kecamatan Bongas, Indramayu (Jawa Barat) telah dilahirkan Yayasan Kusuma Bongas pada tahun 2011 dan masih tetap berkiprah selama 22 tahun hingga saat ini (tahun 2023). Upaya pendampingan lainnya adalah untuk para pekerja industri hiburan di Hayam Wuruk dan sekitarnya dalam wadah Kelompok Aura Buana sejak tahun 2011. Saat ini pendampingan masih terus berjalan dan dalam proses untuk difasilitasi menjadi organisasi formal berbadan hukum.

Ketiga organisasi tersebut (Bandungwangi, YAP dan Kusuma Bongas) merupakan organisasi formal dan berbadan hukum yang statusnya bukan lagi kelompok dampingan tetapi sebagai mitra kerja. Yayasan Kusuma Bongas dan Yayasan Anak dan Perempuan bahkan sudah memiliki kantor sendiri.

Upaya pemberdayaan kelompok dampingan juga dilaksanakan dalam berbagai kegiatan yang dilaksanakan YKB. Dalam kerja sama dengan dunia usaha, kegiatan peningkatan kapasitas perusahaan untuk melanjutkan kegiatan secara berkelanjutan merupakan salah satu langkah penting. Melalui kegiatan-kegiatan berbasis tempat kerja ini, YKB telah menyusun sebuah paket yang berisi langkah-langkah standar yang perlu dilaksanakan dalam kegiatan berbasis tempat kerja.